监理分公司当然合法，监理分公司是依法成立的，但是监理分公司不是独立法人，因此不能以分公司名义签订任何形式的协议。
目前，我国工程建设实行的是总监负责制，由具有独立法人地位的监理公司签订的合同后，应组建监理项目部并授权总监理工程师代表公司履行监理合同。
至于监理公司内部对项目部的管理是由那一级来进行，是监理公司内部的事，无需在合同中体现。如果确要分公司管理监理项目的业务，则监理合同中所确定监理公司的权利和义务，也就是分公司的权利和义务。
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