一、培养方向不同
学制两年主要是为特定的行业培养优秀的实践型人才；而学制三年主要是培养理论性人才，注重培养学生的教学和科研能力。
二、招生条件不同
学制两年要求报考学生必须有一定的工作经验，并且报考人员需要征得所在单位的同意，否则不能报考；而学制三年则没有这些要求。
三、招生考试不同
学制两年每年有两次考试的机会，一次是10月份的联考，另一次是年初的统考，考生可以根据自己的时间安排参加哪次考试。并且这两个考试都是由招生单位自主命题、自主批改试卷的；而学制三年只有年初的统考，统考以外的专业课是由招生单位自主命题的。
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