第一名：东京大学；第二名：京都大学；第三名：东北大学；第四名：大阪大学；第五名：庆应大学；第六名：早稻田大学；第七名：东京医科齿科大学；第八名：一桥大学；第九名：东京工业大学；第十名：筑波大学
个人感觉，和国内高校对应关系如下（当然每一级，感觉日本稍强）：
顶级： 东京大学 （北京大学）， 京都大学 （清华大学）
超超一流： 大阪大学 （复旦大学）， 名古屋大学 （上海交通大学）， 东北大学 （浙江大学）
超一流： 东京工业大学 （中国科学技术大学）， 早稻田大学 ，庆应义塾大学，一桥大学
一流： 北海道大学 （南京大学）， 九州大学 （西安交通大学） ， 筑波大学 （哈尔滨工业大学）
重点：神户大学，横滨国立大学等日本国立大学（对应国内其他985高校）
注：早稻田大学，庆应义塾大学和一桥大学，都是私立大学，不便和国内直接比较。但其综合实力属于日本国内的超一流。早稻田由于宣传原因，在国内被高估了。
日本著名大学有以下
1、日本大学：
日本大学（日文平假名：にほんだいがく；英文：Nihon University），简称日大，是日本国内规模最大的知名综合性私立大学。日大和31个国家、1个地区的134所大学有海外学术交流活动，全校占地面积约31平方公里，相当于中国澳门。
其图书馆藏书数达600万册，仅次于东京大学和京都大学。日本大学出身的公司董事长数已达26085人，位于日本大学中的首位。日大著名的专业有建筑，法学，医学，航空，艺术，国际关系等，在关东圈中受欢迎的学校中，与东洋大学并列成为日驹东专中最受高中生向往的进学目标。
2、东京大学：
东京大学（The University of Tokyo），简称东大，是一所本部位于日本东京都文京区的世界级著名研究型国立综合大学。作为日本最高学术殿堂和帝国大学之首，其在全球享有极高的声誉。
东大诞生于1877年，初设法学、理学、文学、医学四个学部，是日本第一所国立大学，也是亚洲最早的西制大学之一。学校于1886年被更名为“帝国大学”，这也是日本建立的第一所帝国大学。1897年，易名“东京帝国大学”，以区分同年在京都创立的京都帝国大学。二战后的1947年9月，其正式定名为“东京大学” 。
3、京都大学：
京都大学（Kyoto University），简称京大，是一所本部位于日本京都市左京区的世界级顶尖研究型国立综合大学。1897年，其被设立为“京都帝国大学”。二战后，正式更名为“京都大学”。
京都大学作为日本第二所设立的旧制帝国大学，与东京大学分处日本东西两方，两校一直以来都是日本国内等同齐名的最高学府。但是，两校的传统与办学目标迥然不同。东大以培养治国人才为主，京大则以培养科学家见长。在科学研究方面，作为日本近畿地区最高学府的京都大学，其培育出的人才和成果可以说是享誉世界，因而被誉为“科学家的摇篮”。
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