吉森大学围绕一系列重点课题建立了直属的研究中心，通常科学家们会在其中进行学科交叉的合作研究。哲学与科学基础研究中心（ZfP）， 由奥多·马库阿德（Odo Marquard）于1960年代创办国际发展与环境研究中心（ZEU），成立于1998年环境安全的生物学基础跨学科研究中心（IFZ），成立于2000年媒体与互动研究中心（ZMI）， 成立于2000年吉森文化研究中心（GGK），成立于2001年吉森东欧研究中心（GiZo），成立于2006年另外吉森大学还拥有以下附属科研机构：吉森大学农村合作社研究所吉森大学野生动物学研究工作组吉森大学生物心理学与行为医学研究所吉森大学社会调查与应用研究所吉森大学品牌与传播研究所热带研究所计算机数据处理中心放射治疗研究中心欧洲大陆农业与 经济研究中心地域发展研究中心
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