一种方式是纳税人自行向主管税务机关申报缴纳车船税;另一种方式是纳税人在办理机动车交通事故责任强制保险时由保险机构代收代缴车船税。
纳税人自行向主管税务机关申报缴纳车船税的，纳税地点为车船登记地;依法不需要办理登记的车船，纳税地点为车船的所有人或者管理人的所在地。由保险机构代收代缴车船税的，纳税地点为保险机构所在地。
由于从事机动车交通事故责任强制保险业务的保险机构为机动车车船税扣缴义务人，因此，纳税人在办理机动车交通事故责任强制保险业务时，应当一并缴纳车船税;如果已经自行申报缴纳了车船税，应当提供机动车的完税证明。纳税人在办理机动车相关登记和定期检验手续时，公安机关交通管理部门将对车船税完税情况实施核查，对没有提供依法纳税或者免税证明的，不予办理相关手续。
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