发票大于付款金额要分情况处理：
如果是属于商业折扣的范畴，则对方公司应该按折扣后的金额开具专票，多开的发票税额公司应作增值税进项税额转出处理。
如属于现金折扣或其他原因全额开具发票并抵扣，少收的款冲减财务费用（现金折扣）或转营业外收入等账务处理。
如果收到的是普通发票，不存在折扣的问题，也可以直接按实付的金额入账，多出的金额不做处理。
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