1、学校性质不同
（1）国立大学和公立大学是日本国家政府直接设置的大学，由国家全额出资建立；
（2）私立大学主要由民间资本维持经营，指由非地方或者中央政府投资，全部或者部分依靠学生学费来维持大学的经营而非公共资金，这类学校有权自主选择生源。
2、侧重点不同
（1）国立大学和公立大学国公立大学多为研究型大学，以研究为主；
（2）私立大学私立大学研究方面因资金问题普遍不如国公立大学，更侧重于社会实践。
3、学费优惠等不同
日本国公立大学都设有大学院(研究生院)，开设硕士、博士课程。就读日本国立大学大学院的学生持有留学签证，申请奖学金、享受医疗保险、就业、交通费折扣等方面较私立大学拥有更多的报销政策和优惠补贴。
4、教育水准不同
目前私立大学占日本大学总数的三分之二，但是因为私立大学层次有些参差不齐，从超一流大学到危险大学可谓全部囊括。“危险大学”，时刻存在着倒闭的危险，特别应该引起中国留学生的注意
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