一是财政来源不同。
前者隶属中央部委管理，由中央财政供给；后者隶属省人民政府管理，由所在省财政供给；二是院校实力和知名度不同。中央部属高校（包括部省共建高校）的办学实力较强，国际知名度高，教育部直属高校都是重点大学，省属高校除了几所211大学外，其余全是普通本科院校。三是大部分985名牌大学为副部建制。
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