根据2012年教育部学科评估(虽有些过时，却是唯一可信之依据，沒办法)，两者都很强，都在前十名之内。
中科大计算机学科拥有部省级实验室多个，与中科院计算技术研究所(寒武纪智能芯片)、软件研究所都有合作，而南大的软件工程拥有一个“软件新技术国家重点实验室”，还有知名软件企业捐赠的大量实验平台。论实力两者不好分高下，就看所在城市合肥和南京对就业有多大影响了。
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