2018年12月中国农业科学院官网显示，农科院拥有34个直属研究所与9个共建研究所，组织架构包括：京内研究所、京外研究所、共建研究所、中国农业科学院研究生院、中国农业科学技术出版社、海外农业研究中心。
农科院拥有34个直属研究所与9个共建研究所，全院科研人员5000多名，在校研究生规模近5000人；建成49个国家与部门重点实验室、27个国家农作物畜禽改良中心与国家工程技术研究中心、23个国家农作物种质资源库（圃）等科技创新平台。
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