企业环境管理控制信息系统审计的内容主要包括：
1、对单位环境法规执行合法性和合规性的审计：主要审查单位执行环境法律、环境法规、环境政策、环境制度、环境准则以及环境协议或合约的情况；
2、对单位环境质量管理有效性的审计：主要审查废水废气以及废渣噪音和放射性物质的排放量、环境质量达标率、污染事故次数、能源耗用量、有害物质使用与储存量以及绿地覆盖面积等数据是否合理合规；
3、对单位自然环境管理有效性的审计：主要审查单位环境方针的确定性、环境规划的严密性、环境管理措施实施的有效性、故障及隐患发现和排除的及时性、内部检测手段的可行性和先进性等内容。
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