两者区别为：基本存款账户是办理转账结算和现金收付的主办账户，经营活动的日常资金收付以及工资、奖金和现金的支取均可通过该账户办理。一般存款账户是存款人因借款或其他结算需要，在基本存款账户开户银行以外的银行营业机构开立的银行结算账户。
存款人只能在银行开立一个基本存款账户。开立基本存款账户是开立其他银行结算账户的前提。按人民银行结算账户管理办法规定，一家单位只能选择一家银行申请开立一个基本存款账户。存款人开立一般存款账户没有数量限制，但一般存款账户不能在存款人基本存款账户的开户银行开立。
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