使用非合法有效凭证的法律责任主要如下：
1、对于非法凭证，不得作为财务报销凭证，也不得在税前扣除；
2、企业如使用非法凭证，将被要求补税和加收滞纳金，从而增加企业的负担。企业如违反发票管理法规，导致其他单位或个人未缴、少缴或者骗取税款的，由税务机关没收非法所得，可并处未缴、少缴或者骗取的税款一倍以下的罚款；
3、使用非合法有效凭证被认定为偷税的，将被处偷税的百分之五十以上、五倍以下的罚款。构成犯罪的，将依法追究刑事责任。
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