个税综合所得退税的计算方法为：应纳税额=（累计预扣预缴应纳税所得额×预扣率-速算扣除数）-累计减免税额-累计已预扣预缴税额。若在个税年度汇算清缴申报时，公式中的应纳税额小于0的，则纳税人应当按照指引对小于0的部分向主管税务机关提交退税申请；公式中的应纳税额大于0的，则纳税人应当按照指引对大于0的部分向主管税务机关补缴税额；公式中的应纳税额等于0的，纳税人在确认数据计算无误后可以直接提交年度汇算清缴申报。
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