企业所得税认定事项的办理通常会在企业进行税务登记的同时，由主管税务机关的工作人员根据办税人员所提交的资料进行数据录入，然后由税务系统根据企业的实际情况进行处理。
若企业对于自身的认定事项有疑问并需要更改认定的类别，如企业需要将企业所得税查账征收的方式变更为核定征收的方式时，可以咨询所属地区主管税务机关进行了解，并按照指引预约税务机关的业务办理号，然后携带相应的表格、企业公章、企业的营业执照等资料至现场办理变更的申请。
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