专款专用原则是对指定用途的资金，应按规定的用途使用，并单独反映的原则。在《事业单位财务规则》中规定，事业单位从财政部门和主管部门取得的有指定项目和用途的专项资金，应当专款专用、单独核算，并按照规定向财政部门或者主管部门报送专项资金使用情况。项目完成后，应当报送专项资金支出决算和使用效果的书面报告，接受财政部门或者主管部门的检查、验收。
专款专用原则是事业单位会计特有的一条准则。由于出资者对所提供的资金不要求取得资本收益和资本回收，但有着按预定用途使用的要求，所以事业单位的专用基金、投资基金都必须按规定的用途使用。
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