根据上述职责,省审计厅设13个内设机构:

(一)办公室
负责文电、会务、机要、档案等机关日常运转工作,承担信息、宣传、财务、信访、统计、政务公开等工作;拟订审计工作的政策、规划和年度计划;牵头起草审计结果报告、审计工作报告及审计发现问题的纠正和处理结果报告;管理监督直属单位的财务收支;联系特约审计员。
(二)法规处(审计督察处)
起草审计工作的地方性法规、规章草案;审理有关审计业务事项;承担机关有关规范性文件的合法性审核工作;承担机关行政复议、行政应诉等工作;依法检查审计决定执行情况,督促纠正和处理审计发现的问题。
(三)财政审计处
组织审计省本级预算执行和其他财政收支情况;组织审计省辖市政府预算执行、决算和其他财政收支情况;开展相关专项审计调查。
(四)行政事业审计处
组织审计省人大机关、省政协机关、省法院机关、省检察院机关和政党组织、社会团体的财政财务收支;组织审计省政府有关部门和直属单位的财政财务收支;组织审计省政府主管部门和省辖市政府管理的教科文卫专项资金;开展相关专项审计调查。
(五)农业与资源环保审计处
组织审计省政府有关部门的财政收支;组织审计省政府主管部门和省辖市、县(市、区)政府管理的农业专项资金、资源能源及生态环境保护资金;开展相关专项审计调查。
(六)固定资产投资审计处
组织审计省政府有关部门的财政收支;组织审计省级政府投资和以省级政府投资为主的建设项目的预算执行情况及决算;组织对省属国有施工企业的审计监督;开展相关专项审计调查。
(七)金融审计处
组织审计省属国有金融机构和省政府规定的省级国有资本占控股或主导地位金融机构的资产、负债和损益;开展相关专项审计调查。
(八)企业审计处
组织审计省政府有关部门的财政收支;组织审计省属国有企业和省政府规定的省级国有资本占控股或主导地位企业的资产、负债及损益;开展相关专项审计调查。
(九)社会保障审计处
组织审计省政府有关部门的财政收支;组织审计省政府主管部门、省辖市政府管理和其他单位受省政府及其部门委托管理的社会保障资金、社会捐赠资金及住房公积金等;开展相关专项审计调查。
(十)外资运用审计处
组织审计省政府有关部门的财政收支;根据审计署授权,组织审计国际组织和外国政府援助、贷款项目的财务收支;组织审计省属有关企业的资产、负债和损益;开展相关专项审计调查。
(十一)任期经济责任审计与内部审计指导处
拟订全省经济责任审计的有关规定、办法;负责对全省经济责任审计工作的指导检查;组织协调和督导省管领导干部及依法属于省审计厅审计监督对象的其他单位主要负责人经济责任审计工作;负责并协调有关经济案件的审计工作;对全省内部审计工作进行指导、监督。
(十二)计算机审计处
负责全省审计机关计算机辅助审计系统、审计管理系统的规划与管理,指导全省“金审工程”建设和管理;组织全省审计机关计算机审计软件的评审、推广和成果考核;负责并指导被审计单位的会计电算化软件审计工作;承担厅机关信息化网络建设、管理、维护及计算机审计方面的其他工作。
(十三)人事教育处
承担机关及直属单位的机构编制、人事管理、教育培训和审计专业技术职称考评等工作;承办协管省辖市审计机关负责人的有关事项;办理机关及直属单位人员出国有关事项;负责机关离退休人员的服务管理工作。
机关党委负责机关和直属单位的党群工作。

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