一、含义不同：
机关单位其实就是行政单位,是国家机关，是法定的行政主体。而事业单位则是国家基于公共目的成立的公共事业组织，除过法律授权的事业单位，均不是行政主体。
二、编制不同：
行政单位使用行政编制、由国家行政经费负担；事业单位使用事业编制，由国家事业经费负担。
三、形式不同：
自主事业单位：自收自支事业单位作为事业单位的一种主要形式，由于不需要地方财政直接拨款，因而一些地方往往放松对它的管理，造成自收自支事业单位有不断膨胀的趋势。
行政单位是国家机关，事业单位不是国家机关，行政单位往往有行政权力，事业单位大多数没有行政权力，事业单位的主要特征是:具有服务性、公益性和知识密集性。
对比
事业单位是相对于企业单位而言的。首先，事业单位包括一些有公务员工作的单位，它们不是以盈利为目的，是一些国家机构的分支。与企业单位相比，事业单位有以下特征：
一是不以盈利为目的；二是财政及其他单位拨入的资金主要不以经济利益的获取为回报。
企业单位一般是自负盈亏的生产性单位。所谓“自负盈亏”意即：自己承担亏损与盈利的后果，有一定的自主权。企业单位分为国有企业和私营企业。国企就是属国家所有的企业单位；私企就是属个人所有的企业单位。
以上内容参考：百度百科-事业单位
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