健康管理师考试科目为《基础知识》和《操作技能》两门，考试教材也相应的分为《健康管理师基础知识》和《健康管理师国家职业资格三级》两本。
健康管理师教材由人民卫生出版社统一发布；其中理论考试以常见慢性病知识、健康教育学、营养与食品安全、身体活动基本知识、健康保险与健康管理为考试重点，理论考试的内容中有掺和实践技能部分的知识，主要内容以实践技能部分第二章健康风险评估和分析为主，两门科目的内容并不是独立的，而是相互贯通的。
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