1、培养模式不同
5年制高职学生五年均在同一所高职院校或高等师范学校学习，学校采用4.5+0.5的培养模式，即前三年主要学习语文、数学、英语等文化课程和相关专业课程；第四年开设大学专科层次的公共课和专业课，最后半年安排学生顶岗实习。学生学籍前三年按照中等职业教育的管理办法进行管理。
3年制大专则是根据学生所选专业，开设相关课程学习，不学语数英之类的基础学科，直接学习专业课程。3年制大专又分为高专和高职，高专重理论学习，高职重实操学习。
2、招生对象不同
三年制大专招生对象是高中毕业生或三校生，而后就读三年大学，毕业证注明学制三年；
五年制大专招生对象是初中毕业生，而后就读五年大专(前三年或两年就读中专，后两年或三年就读大专)，学历注明学制五年。
3、是否参加高考
初中毕业直接进行5年制高职学习，这样可以越过高中，免于高考(课程)，直接上大学。获得国家承认的大专毕业证书，3年制大专需要参加高考，或者“3+2”之类的培养方式进行升学。
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