没有区别，都是正高级职称，只是评审的系列不一。
1、研究员：研究员是自然科学研究或社会科学研究系列职称，属于正高级职称。研究员职称系列包括实习研究员（初级），助理研究员（中级），副研究员（副高），研究员（正高）。
2、正高级工程师，亦是正高级职称。 正高级工程师是工程类中的高级职称（职称改革后称为专业技术职务任职资格），也是工程系列任职资格职称里的最高职称。工程职称系列包括高级(正高，副高)，中级 (工程师)，初级 (助理工程师，技术员)。
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