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在1938年的时候，北平大学医学院就属于国立北京大学的六个学院之一，在1946年的时候，更是被并入北京大学成为北京大学医学院。但是，在1952年的时候，北京大学医学院脱离了北京大学的怀抱，独立出来，成为北京医学院，后来更名为北京医科大学。
直到2000年左右的高校合并大潮之下，北京医科大学再次与北京大学合并，也就是现在的北京大学医学部。
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