1.培养目标和方式不同
统硕主要是培养学术研究型人才。教学内容侧重于基础理论知识，培养学生从事科研工作的能力和素质，为高校教师和科研研究所培养人才。
专硕主要是培养在某一领域的高层次应用型专门人才。教学内容侧重于理论教学和应用课程相结合，突出案例分析和实践研究，注重培养学生的研究实践问题的的意识和能力。一般要求有不少于半年的实践教学环节。
2读博方式不同
统硕士可以在读硕士期间（一般为研二上学期）申请硕转博，也就是硕博连读，不需要参加全国统考。
专业型硕士一般不能硕博连读，硕士毕业后需进行考博，具体情况各单位有一些不同。有些专硕也可以硕转博，例如南京大学环境学院。
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