1、研究的侧重点不同：中医学是研究人体生理病理，疾病诊断与防治以及康复的一门医学科学。临床医学是研究疾病的病因、诊断、治疗和预后，提高临床治疗水平。
2、研究特点不同：临床根据用户的临床表现，从整体出发结合研究疾病的病因、发病机理和病理过程，进而确定诊断。中医学从动态整体角度研究人体生理病理药理及其与自然环境关系、寻求防治疾病最有效方法的学问。
3、依据不同：临床医学主要指医学中侧重实践活动的部分，直接面对疾病、病人直接实施治疗。中医具有完整的理论体系，其独特之处，在于天人合一、天人相应的整体观及辨证论治。
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