没有医学系。南京大学医学院1987年经教育部（原国家教委）批准重建，成为教育部直属的第一所综合性大学七年制医学院。2012年入选教育部卓越医生培养计划-拔尖创新人才培养计划，开始试办八年制医学教育，目标是培养杰出的领导型临床学家和医学科学家，办学理念和人才培养独具特色。
现设临床医学（八年制）、临床医学（5+3一体化）和口腔医学（五年制）三个专业。现有临床医学和基础医学一级学科博士点、口腔医学一级学科硕士点和临床医学博士后流动站，其中普通外科学为国家重点学科，临床医学为江苏省重点学科。美国科技信息所的ESI数据库最新统计结果显示：医学院临床医学学科进入全球排名前1%。
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