总的来讲包括共价修饰和别构修饰。共价修饰又包括磷酸化/去磷酸化修饰、乙酰化修饰等。别构修饰也就是通过在别构酶的别构中心结合小分子，改变其构象，从而调节酶活性。生物体内部的酶，叫做蛋白激酶，它们的作用就是对目的蛋白的特定位点进行磷酸化。磷酸化本身只有一个作用，就是在氨基酸残基上（常为丝氨酸）共价连接一个磷酸集团。引入磷酸集团之后，目的蛋白的分子构象发生变化，造成酶活力的缺失或者获得。
与磷酸化和去磷酸化最为密切相关的，就是细胞内的信号级联放大系统。简单来说，就是细胞针对外界各种信号（物理或者化学）在体内引发一系列指数级的催化反应（多为磷酸化），导致核内特定基因的表达，成功完成对外界信号的应激性。当这种应激完成之后，再经由去磷酸化去除这些蛋白的活力，使细胞恢复到正常状态。
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