湖南医药学院附属医院有国家三级甲等综合性直属附属医院(临床学院)1所、非直属附属医院(临床学院)9所;它其中包括湖南医药学院第一附属医院,湖南医药学院附属怀化二医院暨第二临床学院,附属怀化中医医院暨第三临床学院。
第一附属医院占地面积17.9万㎡,编制病床1200张,有心血管内科、呼吸内科、护理学3个省级临床建设专科,是国家新药临床试验机构和湖南省慢阻肺同质化培训基地。非直属附属医院包括国家三级甲等综合医院6所、国家三级甲等中医医院2所和国家三级专科医院1所,编制床位13260张,有实习基地90余个。

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