一般学术型硕士研究生学费为8000元/年，专业型硕士学费（一般10000以上，大多在12000-15000之间）为一次性缴清，不按年缴费，并且复旦大学企业管理学专业与其他不同专业收费标准也不尽相同。
学术型硕士的学费上限已有全国性规定。2013年，国家财政部、发展改革委、教育部联合发布《关于完善研究生教育投入机制的意见》，提出2014年秋季学期起，向所有纳入全国研究生招生计划的新入学研究生收取学费，原则上，硕士生每生每年不超过8000元。复旦大学企业管理学专业硕士研究生奖助学金政策，可参考《研究生国家助学金管理暂行办法》。
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