区别主要有两个方面。
首先，它们的教学形式和培养目标不同。EMBA是针对企业高管开设的高级工商管理硕士课程，通常是以兼职为主，学习按科目而不是学期分成几个部分，俗称“模块化”教学，注重实际运用和可操作性，同时注重学生间经验的交流和分享。MBA则是面向刚进入管理岗位或希望进入管理岗位的人开设的工商管理硕士课程，一般是全日制班，班级按照大学的正常教学安排。
其次，它们的培养对象也不同。EMBA的培养对象是如今已经在高级岗位的一些管理者，而MBA的培养对象是未来的高级管理人员。
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