两所大学不分伯仲
在国家重点学科方面，吉林大学有一级国重学科4个（数学、化学、机械工程和地质资源与地质工程），二级国重学科15个；南开大学有有一级国重学科6个（数学、化学、理论经济学、光学工程、历史学、应用经济学），二级国重学科9个。
根据教育部第四轮学科评估，吉林大学有11个学科入选A类，不过没有A+学科入选；南开大学有14个学科入选A类，同样没有A+学科入选。根据双一流学科方面，吉林大学有5个学科入选，南开大学有5个学科入选双一流。
在ESI学科方面，吉林大学有12个学科入选ESI前1%，南开大学有11个学科入选ESI前1%。两所学校各存实力，综合实力不分伯仲。
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