一级科员的待遇在经济待遇上，以正科实职为参照，正科实职高于二级主任科员，一级主任科员又高于正科实职，三个职务或职级之间的待遇差在两三百之间，私下里很多人因此将一级主任科员叫作“大正科”，二级主任科员称之为“小正科”。
在工作待遇上，一级主任科员大多数都是由老资格的正科实职兼任或晋升。如果是正科实职兼任的一级主任科员，工作待遇按照正科实职来执行，享受相应的办公用房、阅文、差旅补助和报销、参会等待遇。在政治待遇上，正科实职兼任一级主任科员严格按职务来对待，座次按实职排序，可以直接向分管领导或主要领导汇报工作，既管人也管事。而一级主任科员属于普通职员，接受正科实职领导，在工作上的各种事项原则上必须向正科实职汇报，原则上不能越级向分管领导或主要领导汇报。前者管人，后者被管，待遇差距是比较大的。在晋升待遇上，一级主任科员任职满两年可以有机会晋升四级调研员。不过在晋升机会上，正科实职兼任一级主任科员晋升四调的机会要大于仅仅是一级主任科员。
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