1、财政拨款不同。差额事业编制由财政进行差额拨款；全额事业编制是全额财政拨款的事业编制。
2、待遇不同。全额事业编制基本待遇与公务员一致，较为稳定；差额事业编制的待遇和收入在一定程度上挂钩，待遇较为波动。
3、单位性质不同。差额事业编制多数是医院和部分景点；全额事业编多为一些公益性事业单位和部分具有行政执法职能的事业单位，如城管、学校、农技站等。
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