根据《中华人民共和国发票管理办法》第三十五条第九项规定,违反本办法的规定,有下列情形之一的,由税务机关责令改正,可以处1万元以下的罚款;有违法所得的予以没收:(九)未按照规定存放和保管发票的,《中华人民共和国发票管理办法》第三十六条规定:“跨规定的使用区域携带、邮寄、运输空白发票,以及携带、邮寄或者运输空白发票出入境的,由税务机关责令改正,可以处1万元以下的罚款;情节严重的,处1万元以上3万元以下的罚款;有违法所得的予以没收。
丢失发票或者擅自损毁发票的,依照前款规定处罚。”因此发票丢失由税务机关责令改正,可以处1万元以下的罚款;情节严重的,处1万元以上3万元以下的罚款。具体处罚金额还需结合本省的《税务行政处罚裁量基准》作出。参考:某省的《税务行政处罚裁量基准》:
1. 涉案发票在10份以下的,可以处2000元以下的罚款。
2、涉案发票在10份以上25份以下的,可以处2000元以上1万元以下的罚款。
3、涉案发票在25份以上的,或在5年内有两次以上该行为的,或有其他严重情节的,处1万元以上3万元以下的罚款。

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