病原微生物分为：朊毒体、寄生虫（原虫、蠕虫、医学昆虫）、真菌、细菌、螺旋体、支原体、立克次体、衣原体、病毒。
病原体侵入人体后，人体就是病原体生存的场所，医学上称为病原体的宿主。病原体在宿主中进行生长繁殖、释放毒性物质等引起机体不同程度的病理变化，这一过程称为感染。不过人体或动物不像人工培养细菌的培养基，可以让病菌不受限制地肆意生长繁殖，轻易地导致机体死亡。病原体入侵人体后，在发生感染的同时，能激发人体免疫系统产生一系列免疫应答与之对抗，这称之为免疫。菌体表面结构有两类，一类具有黏附作用的结构，如磷壁酸、多包被、菌毛等；另一类是具有抗吞噬作用的结构，如荚膜、微荚膜、A型链球菌的M蛋白、金葡菌的A蛋白等。侵袭性酶是细菌合成分泌的胞外酶，一种有抗吞噬作用的酶，如金黄色葡萄球菌产生的血浆凝固酶，可在细菌周围形成纤维蛋白包裹层，抵抗人体吞噬细胞和补体、抗体的作用，保护细菌。另一种可帮助细菌在体内扩散的酶，如A型链球菌产生的透明质酸酶。
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