病原微生物是指能够使人或者动物致病的微生物。
国家根据病原微生物的传染性、感染后对个体或者群体的危害程度，对病原微生物实行分类管理，农业部颁布了动物病原微生物分类名录，将动物病原微生物分为四类：第一类是指能够引起人类或者动物非常严重疾病的微生物，以及我国尚未发现或者已经宣布消灭的微生物。如口蹄疫病毒、高致病性禽流感病毒、牛海绵状脑病病原；第二类是指能够引起人类或者动物严重疾病，比较容易直接或者间接在人与人、动物与人、动物与动物间传播的微生物。如蓝舌病病毒、兔病毒性出血症病毒、炭疽芽孢杆菌、布氏杆菌；第三类是指能够引起人类或者动物疾病，但一般情况下对人、动物或者环境不构成严重危害，传播风险有限，实验室感染后很少引起严重疾病，并且具备有效治疗和预防措施的微生物。如低致病性流感病毒、伪狂犬病病毒、结核分支杆菌；第四类是指在通常情况下不会引起人类或者动物疾病的微生物。
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