东吴大学和国立清华大学的专业强项不同，录取学生的考科采计项目也不全然一致。在台湾的大学入学考试（学科能力测验，简称"学测"）当中，除了国文、英文、数学是共同考科之外，文法商、艺术、社会科学这类的专业校系，采计的是历史、地理、公民考试成绩。理工、医学、农学这类的专业校系，采计的是物理、化学、生物学的考试成绩。就像内地的高中有文理分科一样的道理。东吴大学和蘇州大学同根同源，它的法律学、会计学、商学专业具备国际名校的水平，特别是法律学系已有百年历史，台湾的国际诉讼律师80%以上皆为东吴大学毕业校友，一般国立大学很难望其项背。而国立清华大学与北京清华大学同出一脉，它以自然科学和工程领域（理工类专业）见长，对於人文社会科学领域相对不那麼重视。两校的优势所在不同，很难站在同一个基准比较，要从个别专业来加以评断较为客观。
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