经费来源不一样：公务员是行政编制，财政全额拨款。事业编制分三种，财政全额拨款，差额拨款，自收自支。
待遇、地位不一样：这点在很多地方都有体现，在体制内的行政或事业单位中，行政编制地位最高、待遇最好，这里所说的待遇包括工资、福利、升迁机会。而稀缺程度也是依次递减，行政编制最少、最稀缺，事业编制多。这两种编制很占资源。所以国家严格限制其数量。
职能职责不同：理论上，公务员是”依法行政“的;而事业单位的全称是公益性事业单位，部分事业单位也有公共服务、行政的只能，部分其实是企业行政的，鉴于此事业编制也是这些职能。
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