这是两个不同的政府组成部门。自然资源局不能发不动产证，去国土资源局办理。
自然资源局是把原来的国土资源局、城乡规划局等单位进行了合并，并整合了发改委、林业局、水利局的部门职能形成的行政单位。主要是针对自然资源的调查和管理部署，再根据每个地方的资源问题作出相应的报告和评估，负责自然资源的合法利用和开采。
国土资源局承担规范国土资源管理，优化配置国土资源，承担耕地保护，确保规划确定的耕地保有量和基本农田不减少，负责矿产资源开发管理等。
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