成年大熊猫的性别一看即知，男熊裆部长着硕大的蛋蛋，女熊则没有。幼崽的性别分辨比较难。
第一，虽然雌性阴门上方的圆形隆起和雄性包皮的外形很相似，但是两者的差别也是显而易见的。雌性上方为一浅纵沟，至阴门处有一切口，呈“∧”形而雄性则在中间是一开口，呈“O”形在口张开后可见到龟头。
第二，外生殖器开口至肛门的距离差别较明显。雌体会阴部的隆起至肛门间距较短，而雄体尿道口至肛门间的距离相对较长些，雌体的间距约为雄体的1/2左右。
第三、染色体鉴别。大熊猫的染色体有21对，其中20对常染色体，1对为性染色体，大熊猫雌性为XX，雄性为XY。这种鉴别方法更可靠，但一般稀有兽类不采用这种鉴别方法，毕竟生男生女都一样，只要是熊都能萌倒你。
第四、犬齿鉴别法。根据中科院院士魏辅文等（1989）通过大熊猫上下颌犬齿前后、左右直径和高度的检验，发现雄性大熊猫的犬齿明显大于雌性。这位大熊猫雄雌的鉴别提供一条有效途径。
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