①地理位置受限。吉林大学地处于吉林省，在其它省份没有分校，吉林省冬天天气寒冷，这对于南方学生来说是有一定影响力的，而且近年来东北地区经济发展较为缓慢，对毕业生的就业造成了影响。
②吉林大学学院较多。吉林大学规模庞大，在本世纪初是由国家六所高校合并组建而成的（原长春科技大学、长春邮电学院、吉林大学、解放军军需大学、白求恩医科大学、吉林工业大学等）还没有完全发挥“1+1＞2”的合并效能。
③吉林大学科研经费有限。2022年吉林大学经费预计98.56亿元，而排名第一的清华大学经费则高达317.28亿元，不足其三分之一。
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