1939年，日军当年在武汉大学种下的小日樱花20多株，主要分布在今天的樱花大道上。抗战胜利后，武大于1946年10月复归珞珈山；
1947年3月，武大生物系师生观察发现，校园里共有28株樱花树开花，它们均匀地分布在老斋舍三个拱门之间及其两侧的四个门栋前（每个门栋前各有7株）。怀着对日本军国主义的痛恨，有人建议将樱花树砍掉，但当时驻守在武汉的部队主张保留武大里的一草一木。于是，武大的第一代樱花树得以保存。
1957年，由于樱花树的生命周期不长，第一代日本樱花基本死绝；
1972年，中日邦交正常化，日本首相访华，向周恩来总理赠送了1000株樱花，由于周恩来曾住在珞珈山从事抗日救亡活动，于是将其中50株转赠武大，栽植于半山庐前。
1980年代、1990年代，为纪念中日友好，日本友人又先后两次赠送樱花树苗。
如今，武大校内有樱花1000多株，以日本樱花、山樱花、垂枝大叶早樱和红花高盆樱4种为主。其中，不少是科研人员培育或从国内其他地方移植引进的。它们遍布于樱花大道及鲲鹏广场、人文科学馆、行政大楼等多处。
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