优点：
1、分辨率高，光学显微镜的分辨率为0.2μm，透射电子显微镜的分辨率为0.2nm，也就是说透射电子显微镜在光学显微镜的基础上放大了1000倍。
2、透射式电子显微镜常用于观察那些用普通显微镜所不能分辨的细微物质结构；扫描式电子显微镜主要用于观察固体表面的形貌，也能与X射线衍射仪或电子能谱仪相结合，构成电子微探针，用于物质成分分析；发射式电子显微镜用于自发射电子表面的研究。
缺点：
1、在电子显微镜中样本必须在真空中观察，因此无法观察活样本。随着技术的进步，环境扫描电镜将逐渐实现直接对活样本的观察；
2、在处理样本时可能会产生样本本来没有的结构，这加剧了此后分析图像的难度；
3、由于电子散射能力极强，容易发生二次衍射等；
4、由于为三维物体的二维平面投影像，有时像不唯一；
5、由于透射电子显微镜只能观察非常薄的样本，而有可能物质表面的结构与物质内部的结构不同；
6、超薄样品（100纳米以下），制样过程复杂、困难，制样有损伤；
7、电子束可能通过碰撞和加热破坏样本；
8、此外电子显微镜购买和维护的价格都比较高。
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