农合医保属于社会保障方面的，学生上学属于教育，二者不属于同一个部门，所以不交农合医保不影响学生上学。
虽然农合医保各地管理部门有所不同，但根本目的是保障人民的健康，有健康的身体，更有利于学习。交不交农合和学生上学没有必然的联系，所以不交农合医保，一般不影响学生上学，除某些地方特殊规定。
学生上学是学生的权利和义务，特别是义务教育阶段，适龄儿童必须就近入学，不交农合医保的学生也必须入学就读。
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