1、适用范围不同。
狭义劳动合同适用的主体为企业，聘用合同适用的范围主要为事业单位。聘用合同是近年事业单位人事制度改革的产物，聘用合同制度的内容反映了事业单位的用人制度通过订立劳动合同以实现其物质产品的生产。
2、政府干预的程度不同。
目前事业单位仍在改革当中，作为聘用合同一方当事人的用人单位尚不是完全意义上的独立的市场主体，这一点与企业已在改革中成为独立的市场主体也有所区别。
3、管理监督部门不同。
按照国务院各部门的职能分工，目前，事业单位和企业分别由国务院人事部和劳动保障部对其进行宏观政策指导和监督。这一体制有利于分工负责，也产生一些弊端。聘用合同实施过程中，有关部门的宏观政策协调、工作协调以及对具体执行政策的区别与衔接的把握，对于从整体上推进事业单位和企业的改革，维护社会稳定是十分重要的。
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