植物外植体经致瘤土壤杆菌介导法或其他方法转化后，实际上只有少数细胞被转化，大部分细胞并没有被转化，这就需要用方便的方法将两者区分开来，以便淘汰未转化的细胞，选择转化的细胞，进而使转化的细胞再生成为可育的转基因植株。
目前多用特定的选择标记基因或报告基因。植物基因转化载体系统中均含有一个或多个标记基因，用于选择和筛选。标记基因编码一种不存在于正常植物细胞中的酶，较小，可用于嵌合基因构建，可在转化体中得到充分表达，易于检测，并可定量分析。
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