商调函和调档函是两种不同的公文，它们在内容、接收单位和用途上有一些区别。
内容不同：商调函是商业机关之间调取档案的文书，通常包含调取档案的原因、调取档案的种类、调取档案的份数和调取档案的方式等内容；而调档函是行政机关之间调取档案的文书，通常包含调取档案的单位、调取档案的原因、调取档案的种类、调取档案的份数等内容。
接收单位不同：商调函的接收单位通常是商业机关，如企业、贸易公司等；而调档函的接收单位通常是行政机关，如政府、公安、法院等。
用途不同：商调函主要用于商业机密文件的调取，如企业之间的合作、交易、兼并等需要调取商业机密文件的情况；而调档函主要用于行政文件的调取，如政府机构之间的信息共享、行政审批、案件调查等需要调取行政文件的情况。
总之，商调函和调档函都是公文的一种，它们的区别主要在于它们所涉及的档案种类和使用范围不同。
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