A、探究α-淀粉酶的最适pH，自变量是不同的pH，无关变量是底物和酶的用量，因变量是淀粉的分解速率，A错误；
B、探究光照强度对植物光合作用的影响，自变量是不同的光照强度，无关变量是温度、CO浓度等，因变量是植物的光合作用强度，B正确；
C、探究酵母菌细胞呼吸的方式，自变量是氧气的有无，无关变量是培养液的浓度和酵母菌菌种的数量等，因变量是CO的释放量，C错误；
D、探究甲状腺激素对蝌蚪生长发育的影响，自变量是饲料中是否加甲状腺激素制剂，无关变量是饲料的量，水温等培养条件，因变量是蝌蚪生长发育的情况，D错误；故选：B．
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