不签第三方协议的后果如下：
毕业时档案被打回原籍，一旦过了规定的择业期，就会丢失干部身份。
用人单位缺少劳动者到其工作的保障，可能主动解除劳动关系。
学校不方便统计就业信息和数据。
此外，对于学生而言，只有签署了第三方协议，拿回学校，学校才会在毕业后将派遣证发给学生，学生拿着派遣证到工作的单位报到，就此开始计算工龄，学生也就拥有了干部身份。报考公务员，一些国有企业、事业单位的招聘、录取，如果没有干部身份就会有一定的影响，甚至可能无法到该单位工作。
综上所述，建议慎重考虑是否不签第三方协议，如果对于第三方协议还有疑问，建议咨询学校或相关律师。
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